სამაგისტრო პროგრამა მოიცავს სხვადასხვა პრაქტიკულ და სამეცნიერო-კვლევით აქტივობას, რომელსაც შერჩეული მაგისტრანტები სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახურის სასწავლო ცენტრში გაივლიან. სამაგისტრო პროგრამა შემუშავდა საქართველოში ევროკავშირის წარმომადგენლობის მხარდაჭერით. აღნიშნული თანამშრომლობის ფარგლებში საქართველოში იმყოფებოდა ესპანელი ექსპერტი უსაფრთხოების საკითხებში, რუბენ არკოსი, რომელმაც ქართველ ექსპერტებთან ერთად მოამზადა კურიკულუმი.